下で、kitaxさんからコメントをいただいている通り、じつはこれ、リンカ最適化の"-O"オプションで制御されます。
前回の結果はMakefileのこのオプションがコメントアウトされていて、"-O0"な状態でコンパイルされていたわけです。
で、これを"-Os"でやり直してみると、、

ver 3.4.6 では、

    138                 PORTB = 0x55;
    139   84:   85 e5           ldi     r24, 0x55       ; 85
    140   86:   88 bb           out     0x18, r24       ; 24

ver 4.4.3 でも、

    120   64:   25 e5           ldi     r18, 0x55       ; 85
     :
    152                 PORTB = 0x55;
    153   7c:   28 bb           out     0x18, r18       ; 24

と、ちゃんと outを使った内容にコンパイルされます。コードサイズはそれぞれ、
ver 3.4.6

      1 /usr/local/avr-gcc3/bin/avr-size led.elf
      2    text    data     bss     dec     hex filename
      3     154       0       0     154      9a led.elf

ver 4.4.3

      1 /usr/local/avr-gcc4/bin/avr-size led.elf
      2    text    data     bss     dec     hex filename
      3     148       0       0     148      94 led.elf

と、ぎゅっと小さくなっています。 おそまつさま、、
割り込みを使わないこのプログラム、実はさらにコードサイズを小さくする秘策が、、